Юлия, если в контракт внесено сведение о стране происхождения, то
думаю, что участник может попытаться в суде заявить требование об изменении условий контракта.
Доводы могут быть только, что ч. 3 ст. 66 вообще не предусматривает указания страны происхождения товара (в отличие от конкурса).  Правда есть письмо МЭРа от 07.07.2014 (можно предположить, что требование письма потом перейдет в норму закона, но в н.в. в Законе написано по-другому).
Заявить в суде обеспечительные меры: запретить заказчику отказываться от приемки товара или запретить заказчику отказываться от исполнения контракта (вдруг суд примет).
Вся судебная процедура (первая инстанция, апелляция, кассация) может действовать как мера защиты от отказа заказчика и внесения участника в РНП.